Além do aspecto formal do ensino, o Colégio Gregor Mendel dá especial atenção e estímulo à prática de atividades culturais e esportivas. Além das aulas de Educação Física, todos os estudantes do 6º ano do Ensino Fundamental II à 2ª série do Ens. Médio podem escolher um esporte (volei, futsal, handball, basquete, judô ou karatê) no turno oposto às aulas, mediante pagamento da taxa anual.
Através dessas aulas, o Colégio procura fortalecer nos estudantes as noções básicas de convivência social, e estimular o desenvolvimento de sentimentos e conceitos, como solidariedade, ética, responsabilidade e espírito esportivo.
Estrutura campeã graças à sua infra-estrutura, o Gregor Mendel tem proporcionado aos seus estudantes o contato com diferentes atividades e modalidades esportivas. A área esportiva do Colégio é composta por uma piscina aquecida, coberta e ozonizada, quadras poliesportivas cobertas e salas de boxe e artes marciais (Jiu-Jitsu, Judô e Karatê).
Com um acompanhamento profissional qualificado, o Colégio Gregor Mendel dispõe de um Departamento de Educação Física e Esportes (DEFE) com profissionais do mais alto nível, capazes de acompanhar seu filho desde a iniciação esportiva, bem como ministrar treinamentos específicos que visam à formação de equipes representativas do Colégio.
São duas as nossas unidades: o Gregor Mendel Pituba, para estudantes do Ensino Fundamental II (6º ao 9º ano) e Ensino Médio (1º, 2º e 3º ano), e o Gregor Mendel Itaigara, com Educação Infantil (Grupo 01 ao 05) e o Ensino Fundamental I (1º ao 5º ano).